菌肥在贮存时不能与农药、化肥和过酸、过碱物质混放，不要与大量化肥或酸碱性化肥混施，土壤过酸、过碱或干旱都影响菌肥效应发挥。

　　防潮湿应贮存在干燥阴凉的房内密封保存，否则容易引起吸湿潮解、结块、化学反应等现象，降低肥效，还不便施用。

　　防混放不同种类的肥料要分别堆放，不要混堆和散包，以防不同肥料相互作用，引起化学反应；化肥不要与种子、粮食、农药及其它农资一起堆放，防止造成污染和毒害；含活性成分及易挥发成分的新型肥料更要注意不要与其它农资混放。

　　防火和水、防高温和避光保存新型肥料由于包装及成分存在可燃成分，应当避免与易燃物一起存放；新型肥料大多为可溶性的或与水发生反应的，所以应避免漏雨等情况发生；微生物肥料要保存在干燥清洁的避光空间，避免杂菌感染；还应防止日光直晒，避免日光中紫外线的杀菌作用；要保持低温，使肥料中的微生物保持休眠状态；微生物肥料不能与易挥发且有毒害的农药一起保存，因为各种农药对菌体有杀害作用；由于微生物肥料有一定的有效期，所以保存不能过久，一般有效期为2~3个月；气体肥料要避免阳光照射或雨淋，储存期间二氧化碳发生剂如果发生颜色变化不影响正常使用。

　　防空气接触新型肥料中大多数添加成分或处理工艺在空气中长时间暴露都会有失效的风险，故应密闭保存。如腐植酸肥料、缓控释肥料、稳定性肥料等在空气中长时间接触都会因为氧化、挥发而损失养分，并伴随功能丧失；对开封后未用完的肥料，尤其是水溶肥，要扎紧口存放，防止受潮。水溶肥保存期间出现的结块现象不会影响肥效。

　　防腐蚀和中毒有的新型肥料有腐蚀性或微毒性。如一些络合态水溶肥、含氮易挥发肥料等具有一定游离酸，具有腐蚀性，挥发的氨气对人体有害，故应注意避免与粮食、农药、种子一起存放，也不能存放于家庭成员居住的环境中。